استنتاج مجموعة پیش‌بینی کننده در شبکة تنظیم کنندة ژن مبتنی بر الگوریتم‌جستجوی گرانشی و تابع برازندگی میانگین آنتروپی شرطی

نویسندگان

  • بهنام قوامی استادیار، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشکده فنی مهندسی، دانشگاه شهید باهنر، کرمان
  • مینا جعفری کارشناسی ارشد هوش مصنوعی، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشکده فنی مهندسی، دانشگاه شهید باهنر، کرمان
  • وحید ستاری نایینی استادیار، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشکده فنی مهندسی، دانشگاه شهید باهنر، کرمان
چکیده مقاله:

استنتاج شبکة تنظیم‌کنندة ژن (GRN) با استفاده از داده­های بیان ژن، برای درک وابستگی و نحوة تنظیم ژن‌ها، درک فرآیندهای زیست­شناسی، نحوة رخداد فرآیندها و همچنین جلوگیری از وقوع برخی فرآیندهای ناخواسته (بیماری)، حائز اهمیت است. ساخت صحیح GRN، نیازمند استنتاج صحیح مجموعة پیش­بینی­کننده­ است. به‌طور کلی، مهم‌ترین محدودیت برای استنتاج صحیح مجموعة پیش­بینی­کننده، حجم عظیم ژن­ها، کم بودن تعداد نمونه­ها و امکان نفوذ نویز در داده­های بیان ژن است؛ بنابراین، ارائة روش­هایی کارا برای استنتاج پیش­بینی کننده­ها با قابلیت اطمینان بالا، یک نیاز جدی است. در این مقاله، با استفاده از الگوریتم جستجوی گرانشی(GSA)، یک روش کارا برای استنتاج مجموعة پیش‌بینی‌کننده­ ارائه شده است. به‌ازای هر ژن هدف، یک الگوریتم GSA برای استنتاج زیر‌مجموعة پیش‌بینی کنندة آن ژن استفاده ­شده است. در هر جمعیت، یک جرم نشان دهندة زیر‌مجموعة پیش‌بینی کنندة مرتبط با آن ژن هدف است. جمعیت اولیه به‌ازای هر ژن هدف، براساس ضریب همبستگی پیرسون تولید می­شود. برای هدایت الگوریتم GSA، از معیار ارزیابی میانگین آنتروپی شرطی (MCE) استفاده شده است. نتایج تجربی حاصل از اعمال این روش روی داده­های زیست‌شناسی نشان می­دهد که، روش پیشنهادی دقت بالایی برای استنتاج مجموعة پیش­بینی­کننده دارد. به‌علاوه، نتایج روی داده­های زیست‌شناسی با مقیاس کوچک و بزرگ نشان می­دهند که، میزان دقت روش پیشنهادی برای استنتاج GRN بیشتر از روش­های مشابه  است.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

مباحثی در آنتروپی مبتنی بر تابع چندک

در این پایان نامه ابتدا مروری بر مفاهیم پایه ای و تاریخچه آنتروپی و قابلیت اعتماد خواهیم داشت. سپس فرمول ها و روابط بسته ای برای آنها بر مبنای تابع چندک ارائه می شود. در ادامه آنتروپی متغیر طول عمر باقیمانده و گذشته مبتنی بر تابع چندک در مدل های پیوسته مطالعه و خواص آنها بررسی می شود. مشخصه سازی مدل آماری جامعه بر حسب آنتروپی باقیمانده و گذشته مبتنی بر تابع چندک انجام می شود. با در نظر گرفتن مد...

پیش‌بینی کم‌آبی‌ ماهانه با استفاده از یک مدل استوکستیک و سیستم استنتاج فازی مبتنی بر شبکة تطبیقی

آگاهی از دبی‌ جریان و پیش‌بینی آن به ویژه در مواقعی که رودخانه با کم‌آبی مواجه است امری ضروری در جهت مدیریت بهره‌‌برداری از رودخانه است. در این مقاله به ‌منظور مدل‌سازی سری‌های‌ زمانی تشکیل شده از کم‌آبی‌های ماهانه و پیش‌بینی مقدار و زمان وقوع کم‌آبی‌ها، از یک مدل استوکستیک متداول (مدل میانگین متحرک تجمعی خودبازگشت-ARIMA) و یک مدل مبتنی بر هوش مصنوعی (سیستم استنتاج فازی مبتنی بر شبکة تطبیقی-ANF...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


عنوان ژورنال

دوره 9  شماره 4

صفحات  375- 386

تاریخ انتشار 2016-01-21

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023